5./6./7. Dez: Laborfrust

So, mal einen kleinen Zwischenstand zum Projekt:
Die ganze Woche über habe ich wirklich wie ein Blöder reingeklotzt, um für die Klonierung, Ligation etc. alles fertig zu haben, wenn die Daten der Sequenzierung von vor fast 14 Tagen denn dann endlich eintrudeln. Und dann war es Mittwoch-Abend endlich so weit: Die Daten sind endlich da. Ich habe aber zunächst keine Zeit mir die anzusehen, viele andere Dinge sind erst einmal fertig zu machen. Doch an Dirks Miene - er hat etwas mehr Zeit dafür erübrigen könnnen - kann ich schon fast ablesen, dass das wieder nichts geworden zu sein scheint. Dennoch: Als ich dann gegen acht das Labor verlasse nehme ich mir trotzdem vor nach dem Abendessen noch die Sequenzen durchzugehen. Und so sitze ich dann noch fast bis Mitternacht vor dem Rechner.
Erstes Ergebnis: Meine Studie von Dirks Gesichtsausdrücken macht gute Fortschritte, denn die Sequenzierungen lassen sich kaum an die erwartete Sequenz annealen. Zu wenig Übereinstimmung. Als ich dann aber eine der erhaltenen Sequenzen gegen die Sequnez-Datenbanken dieser Welt blaste, verschlägt es mir fast die Sprache: Das erste halbe Dutzend an Treffern besteht fast ausschließlich aus meinem Protein. Was aber das erstaunliche ist: Die Treffer sind nicht etwa Sequenzen aus Homo Sapiens, sondern fast nur Mus musculus. Habe ich aus einem Menschen eine Maus gemacht?
Bei mir kommt der absolute Verdacht auf, dass wir nicht humane RNA am Anfang erhalten haben, sondern von dem kooperierendem Labor Maus-RNA erhalten haben.
Diesen Verdacht und meine Ergebnisse zeige ich am Donnerstag morgen dann direkt Dirk, der noch vorm Labmeeting eine Mail an das andere Labor schreibt und dann mal nachfragt.
Und nach dem Meeting ist es dann sicher: Die haben uns Maus-RNA gegeben!
Kein Wunder also, dass ich nur unter äußersten Schwierigkeiten eine PCR mit Primern hinbekomme, die für das humane Protein designt worden sind. Und dass dann natürlich die Sequenzen nicht stimmen ist ja auch klar. Und da wir mit humanen Primern Maussequenzen amplifiziert haben, können wir nicht einmal das entstandene Produkt nutzen, um ein Mausprotein zu erzeugen, denn was dann rauskommen würde ist ein Mischmasch aus Maus und Mensch Protein. Ergebnisse mit diesem Protein wäre unbrauchbar, denn wenn man einen Binde-Assay macht und Signale erhält muss das nichts heißen, und wenn man keine Signale erhält muss das auch nichts heißen.
Ich fasse also mal zusammen: Zwei Monate völlig sinnlos gearbeitet (OK, ich habe schon viel gelernt). Das ist doch alles ganz großer MIST!
Ich habe dann direkt angefangen mit humaner cDNA zu arbeiten und auch wunderbare PCR-Produkte bekommen, aber die verbleibenden Tage sind auch bei idealem Verlauf einfach nicht genug, um da noch was zu reißen!
Da hilft es mir auch nicht, dass der Chef des Labors von dem wir die RNA bekommen haben, sich nach einem Treffen mit Dieter persönlich bei mir für das Versehen entschuldigt.